Când au trecut vremurile păgânismului, când creștinismul a încetat să mai fie persecutat și a fost recunoscut ca religie mondială, s-ar părea că toate diferențele ar trebui rezolvate. Dar, uneori, numai Sinoadele Ecumenice puteau rezolva conflictele apărute, infirma învățăturile eretice - nu exista pace nici măcar în interiorul Bisericii.
Primul Sinod Ecumenic a fost Sinodul de la Niceea, convocat în 325. Motivul pentru aceasta a fost învățătura răspândită a presbiterului alexandrin Arie. Esența sa a fost de a nega identitatea dintre Dumnezeu Tatăl și Dumnezeu Fiul. El a susținut că Isus Hristos a fost creat de Domnul, dar nu este întruparea lui. O astfel de idee a infirmat fundamental toate dogmele creștinismului și, prin urmare, inițial, învățătura lui Arie a fost respinsă de Consiliul Local. Cu toate acestea, mândru presbiter a refuzat să recunoască hotărârea Sinodului ca fiind legitimă și a continuat să-i cucerească pe credincioși.
Atunci, împăratul Constantin a invitat episcopi din toată lumea la Sinodul Ecumenic din micul oraș Niceea (numit în prezent Iznik și situat pe teritoriul Turciei moderne). Unii dintre reprezentanții Bisericii prezenți purtau urme de tortură pe trup,primit în numele adevăratului creștinism. Au fost prezenți și episcopii care îl susțin pe Arie.
Dezbaterea a durat mai mult de două luni. În acest timp au avut loc multe discuții, discursuri ale filozofilor, lămuriri ale formulărilor teologice. După cum spune legenda, manifestarea unui miracol divin a pus capăt certurilor. Ca o unitate de trei principii, a dat un exemplu de ciob de lut: apa, focul, lutul dau un singur întreg. La fel, Sfânta Treime este în esență un singur Dumnezeu. După discursul său, din ciob a apărut foc, a apărut apă și s-a format lut. După o astfel de minune, Sinodul de la Niceea a respins în cele din urmă învățătura falsă a lui Arie, l-a excomunicat din Biserică, a aprobat Crezul și a stabilit 20 de reguli de disciplină bisericească, a stabilit data sărbătoririi Paștelui.
Dar acest Consiliu bisericesc nu a pus capăt acestei probleme. Controversa a continuat foarte mult timp. Chiar și acum, ecourile lor sunt încă auzite - arianismul a stat la baza învățăturilor Martorilor lui Iehova.
Pe lângă Sinodul din 325, a existat și cel de-al doilea Sinod de la Niceea, convocat de împărăteasa Irene a Constantinopolului în 787. Scopul său a fost de a desființa iconoclasmul care exista la acea vreme. De fapt, împărăteasa a făcut două încercări de a convoca un Sinod Ecumenic. Dar în anul 786, gărzile care îi sprijineau pe iconoclaști au izbucnit în Templul Sfinților Apostoli din Constantinopol, unde Sinodul a început lucrările. Sfinții părinți au trebuit să se împrăștie.
După ce a recurs la trucuri considerabile, desființând vechea gardă, recrutând noi trupe, Irina a convocat totuși Catedrala în787, dar l-a mutat de la Constantinopol la Niceea. Lucrarea lui a durat o lună, în urma rezultatelor acesteia, venerarea icoanelor a fost restaurată, acestea fiind permise în biserici.
Totuși, nici acest Sinod de la Niceea nu și-a îndeplinit pe deplin scopul. Iconoclasmul a continuat să existe. Mișcarea iconoclastă a fost în cele din urmă învinsă abia în 843, la Sinodul de la Constantinopol.